ANAGENE V 1.0               Fiche d’aide
Anagène est un logiciel de traitement de séquences génomiques.

INTERFACE 

Pour vous aider, une bulle d’aide s’affiche sur l’objet pointé par le curseur de la souris.
Il est possible d’inhiber cet affichage (menu Options)		
ACCES AUX RESSOURCES  
Les ressources sont constituées d’une banque de séquences nucléiques (ADN et ARN) et de documents illustratifs (textes, images et animations). Certaines séquences ont été regroupées en fonction d’une pour problématique biologique et constituent un thème d’étude.

ACTIONS RELATIVES A L’EDITION DES SEQUENCES	

  ACTION	

Pointer une séquence

Sélectionner une séquence

Le bouton de sélection affiche une flèche rouge .
Cliquer sur le bouton de sélection. Son nom s’inscrit sur fond blanc.	
Sélectionner plusieurs séquences		Cliquer successivement sur les boutons de sélection des différentes séquences.	
Parcourir les séquences	
	Agir sur la barre de défilement horizontal	
Changer d’échelle	 pas de 1
 pas de 3	Cliquer sur l’échelle  graduée pour basculer de l’échelle à pas de 1 vers l’échelle à pas de 3 ou l’inverse	
Mise en place du grand curseur		Sélectionner la largeur  à donner au grand curseur et cliquer sur  	
Décaler une séquence	
 
ex :décalage de 2 vers la droite	Cliquer sur les boutons de décalage  pour créer un décalage positif ou négatif	
Changer la séquence de référence		Pointer la séquence sélectionnée et cliquer sur  pour la remonter en première ligne	

ACTIONS DE TRAITEMENT DES SEQUENCES
	CONVERSION DE SEQUENCES  
Cette fonction peut être appliquée sur les séquences nucléiques et peptidiques et simultanément sur plusieurs séquences si elles sont de même nature.

TYPE DE CONVERSION 	REMARQUES RELATIVES A	
Séquence sélectionnée	Séquence convertie	L’AFFICHAGE OBTENU	
ADN	ADN	obtention des 2 séquences complémentaires de l’ADN	
ADN	ARNm	Transcription	
ARNm	ADN	Rétrotranscription	
Nucléique (ADN ou ARN)	Peptidique

3 options :	1.	Traduction simple 
2.	Positions des phases ouvertes de lecture :
affiche dans les 3 cadres de lecture les positions des différents codons
    >>>  position d’un codon d’initiation
    ===  position d’un codon d’élongation
      position d’un codon stop.
3.	Traduction des phases ouvertes de lecture
affiche dans les 3 cadres de lecture les différentes séquences peptidiques possibles(cf. option précédente)	
Peptidique	Nucléique (ADN ou ARN)	Affiche les différentes séquences possibles compte tenu de la dégénérescence du code génétique.	

	COMPARAISON DE SEQUENCES 
Pour être appliqué, ce traitement nécessite que 2 séquences au minimum de nature soit nucléique, soit peptidique et situées dans la fenêtre  d’affichage/Edition soient au préalable sélectionnées.

TYPE DE COMPARAISON	REMARQUES RELATIVES A L’AFFICHAGE OBTENU	
Comparaison simple	       La première séquence sert de référence.
     symbole des identités.
NB Le décalage d’une séquence peut modifier ces identités et différences.	
Alignement avec discontinuité 
(paramètre d’alignement par défaut)	        Sur la ligne supérieure :
     symbole des identités.
        les différences par un espace.
        La première séquence sert de référence.
        Au niveau des autres séquences :
     symbole des identités.
   _  symbole des manques. 
(souligné)
       les changements sont affichés en clair.

	ACTION ENZYMATIQUE
Sélectionner une ou plusieurs séquences d’ADN
Sélectionner une ou plusieurs enzymes de restriction en fonction de la taille du site. 
La représentation graphique affiche alors la carte de restriction : les sites de restriction s’affichent en rouge ainsi que le mode de coupure de l’enzyme.

AUTRES OUTILS
	INFORMATION
Obtention d’informations sur la nature des séquences pointées et sur le résultat des traitements appliqués (nombre de différences avec la séquence de référence).
	TABLEAU DU CODE GENETIQUE
Tableau de correspondance des codons de l’ARNm avec les acides aminés.